Achavam-se, pois, os ministros arcando com dificuldades insuperáveis, até que terminaram mesmo por ver-se obrigados a ausentar-se da corte e a largar a administração suprema dos negócios, perante a oposição e guerra viva que se lhes fazia.
Por seu lado o clero, vendo no monarca um elemento pouco próprio para lisonjear-lhe as pretensões, tratou de fomentar-lhe a queda, acabando por conseguir que no célebre concílio de Leão em 1245 o papa Inocêncio IV depusesse afinal do trono o desditoso rei.
Lá estavam Elvas e Aljustrel, Juromenha e Serpa, Mértola, Tavira e outras praças tomadas aos Mouros, atestando a bravura de D. Sancho e o seu empenho em continuar de certo modo as gloriosas tradições de seus predecessores com respeito a alargar os limites do reino a que presidia.
Mas de nada isso lhe servia para manter-lhe o prestígio, quando o supremo árbitro, o rei dos reis (o papa), se prestava a fulminá-lo do solo pontifício, obedecendo às sugestões daqueles que mais lhe convinha proteger.
Para contrabalançar a oposição do clero, poderia lembrar a nobreza, se esta não fosse também um elemento adverso ao monarca.
Nas empresas contra a mourisma, quando el-rei tinha corajosamente feito cintilar o elmo ao sol da vitória na vanguarda das suas hostes, ainda aquele ímpeto guerreiro excitava temporariamente o entusiasmo dos que o acompanhavam.
Mas terminada a campanha, e desvanecida a memória dos louros conquistados, o entusiasmo arrefecia, e o desgraçado monarca só encontrava nos nobres o desejo infrene de praticarem as mais violentas exacções sobre todo o reino com a agravante perspectiva de se revoltarem se D. Sancho tratasse de coarctar-lhes sua desmedida ambição.
Portanto clero e nobreza eram dois potentes colossos que o pobre rei tinha defronte de si a hostilizá-lo embora reciprocamente adversários.
D. Sancho e a rainha D. Mecia (uma formosa fidalga biscaínha, por quem o rei se perdera de amores a ponto de desposá-la) foram acabar seus dias no desterro expulsos do trono, - enquanto o partido clerical cifrava as suas esperanças todas em D. Afonso III, o novo monarca, irmão do rei deposto.
O D.sancho 2º e o melhor.