Os primeiros anos do novo reinado correram infelizmente retalhados por intrigas de ambições. Entre a rainha viuva (D. Leonor de Aragão) e seu cunhado, o infante D. Pedro, a quem as cortes conferiram a regencia do reino durante a menoridade do sobrinho, travou-se a luta do despeito e do ódio por parte de D. Leonor, luta que veio a terminar tragicamente quando, depois de D. Afonso V assumir as rédeas do governo, pérfidos conselheiros o desvairaram lançando-lhe caluniosamente no espírito infames suspeitas acerca das intenções do infante, e fazendo-lhe crer que este aspirava a nada menos que a esbulhá-lo da coroa. D. Afonso, como criança leviana, acreditou nos aleives que intrigantes cortesãos levantavam contra o respeitável carácter de seu honradíssimo tutor, de seu bondoso tio, de seu afectuoso sogro (D. Afonso era já nesse tempo casado com a filha do regente, D. Isabel). O resultado destes negros tramas foi morrer o duque de Coimbra (assim se intitulava D. Pedro) tristemente assassinado em 1449 num encontro que as tropas do rei tiveram com os homens de armas do duque, quando este, saia pacificamente de Coimbra em direcção a Lisboa onde se propunha lealmente desmascarar as insídias dos aleivosos que contra ele tramavam na sombra. E assim acabou às mãos da soldadesca um dos príncipes portugueses que com mais tino têm sabido empunhar as rédeas do governo!
Esta foi a maior mácula que enodou o reinado de D. Afonso V; e, apesar disso, não poderá taxar-se de perverso este príncipe. Leviano sim, leviano, era e pronunciadamente estouvado; a par disto, sobrava-lhe a intrepidez de ânimo e o espírito cavaleiroso, disposto sempre para tudo quanto significasse empresas aventurosas e belicosas.