Ainda assim, D. Manuel merece louvores por ter sabido compreender e continuar a obra monumental de seu primo com respeito às empresas de além-mar.
Pena foi que não soubesse compreendê-lo e continuá-lo também no espírito de tolerância que D. João II tão sabiamente havia demonstrado!
A expulsão dos judeus em 1497, e a carnificina atroz dos cristãos-novos que Lisboa presenciou em 1506 promovida pelo influxo do intolerantismo fradesco sobre o fanatismo estúpido da plebe inepta (carnificina cujos promotores aliás el-rei mandou depois severamente castigar), são dois factos calamitosos que deslustram as pompas deste reinado, - tão glorioso, todavia, se o encararmos exclusivamente no campo dos descobrimentos e das conquistas.