D. Manuel, depois de ter iluminado o mundo com o reflexo das suas glórias, veio a falecer nos paços da Ribeira em Lisboa com 52 anos de idade; jaz sepultado na igreja dos Jerónimos em Belém, templo de sumptuosa fabrica por ele mandada erguer como padrão comemorativo do descobrimento da Índia.
Durante o reinado deste monarca Portugal havia assumido o zénite de magnificência; sentia-se o sopro vivificante da Renascença nas artes e nas letras. A língua vazava-se definitivamente nos moldes correctos e puros do classicismo; a literatura inaugurava em Gil Vicente e Bernardim Ribeiro a fase áurea, em que breve tinham de surgir, quais meteoros luminosos, os nomes de Sá de Miranda e de António Ferreira, de João de Barros e de Luís de Camões – o primeiro dentre todos, o imortal poeta dos Lusíadas.
Três vezes casou D. Manuel; da primeira vez com D. Isabel (viúva do príncipe D. Afonso, filho de D. João II); da segunda vez com D. Maria (filha, como a antecedente, dos reis de Espanha, Fernando e Isabel a Católica); da terceira, finalmente, com D. Leonor (filha de Filipe I de Espanha).
Da numerosa prole, que teve, quem veio a suceder-lhe na coroa foi um filho de seu segundo matrimónio, D. João III, a quem a história por uma injustificável adulação pôs o cognome de Piedoso, devendo antes chamar-lhe o Fanático, o Jesuíta, o Inquisidor.